En 1941, le gouvernement de Vichy le relève de ses fonctions de médecin-chef de l’hôpital de Lens car, engagé volontaire dans les Forces françaises libres, en 1940, il organisa le réseau de résistance des médecins dans la région minière. Il retrouva ses fonctions, à la libération, le 1er septembre 1944. Ernest Schaffner reprend alors son combat contre la silicose.
La France entière est émue par ce courage et ce dévouement. On le fait officier de la Légion d'honneur, sur son lit d’hôpital, et on le cite à l’ordre de la Nation.
Émus également, les mineurs délèguent deux jeunes galibots à son chevet, pour lui remettre un message de sympathie. Ernest Schaffner pleure en embrassant François Pieckowiack et Paul Parent. Cette scène, à elle seule, résume l’extraordinaire solidarité du monde de la mine. L’homme ne s’arrête pratiquement jamais, dormant le strict minimum. D’autant plus qu’il s’intéresse à tous les domaines de la vie, et donc à la politique.
Le 12 mai 1935, il entrait au conseil municipal de Lens, sans se douter que le 16 octobre 1947 il allait devenir maire de cette ville devenue sa patrie. Un maire unanimement apprécié, qui devint conseiller général en 1951, puis député en 1958.
Quand il mourut, le 23 septembre 1966, la corporation minière était orpheline de « l’homme aux bandelettes ».
En guise de remerciement pour son dévouement envers les mineurs, le nom d'Ernest Schaffner fut donné à l'hôpital Lensois.

Article et photo la Voix du nord samedi 22 décembre 1990.